近日,国际植物科学领域知名期刊《Planta》在线发表了我室最新研究成果“Lichao Jiao, Yang Lu, Tuo He, Jianing Li, Yafang Yin*. A strategy for developing high-resolution DNA barcodes for species discrimination of wood specimens using the complete chloroplast genome of threePterocarpusspecies”(https://link.springer.com/article/10.1007/s00425-019-03150-1),标志着我室在木材DNA条形码优选研究方面取得新进展。
DNA条形码技术已成为当前木材识别的有效手段之一。然而,目前木材DNA识别普遍采用信息位点数偏少的通用DNA条形码(如rbcL、matK等),对亲缘关系接近的木材物种识别成功率较低。本研究首次报道了一种基于叶绿体全基因组筛选的适用于木材识别的高分辨率DNA条形码。首先对木材构造特征相似的3种紫檀属树种(印度紫檀P. indicus、檀香紫檀P. santalinus和染料紫檀P. tinctorius)新鲜叶片进行了叶绿体全基因组测序,通过叶绿体基因组注释、基因功能解析及分类,在全基因组水平基于核苷酸多态性(Pi>0.02)参数筛选出rpl32-ccsA、rpl20-clpP、trnC-rpoB、ycf1b、accD-ycf4、ycf1a、psbK-accD等7个DNA高变区,并采用木材样品对筛选出的DNA高变区进行DNA获取成功率的评估。研究表明,木材样品中条形码ycf1b的获取成功率最高(76.7%),且对3种紫檀属物种木材样品的识别成功率为100%。因此,推荐ycf1b作为3种紫檀属木材的高分辨DNA条形码。该研究为木材DNA条形码方法的科学应用奠定了理论基础,为木材资源的保护与可持续利用提供了技术支撑。
该项研究工作得到了中国林科院院所基金项目(CAFYBB2017MA013)、国家自然科学基金青年基金项目(31600451)和国家“万人计划”特殊支持项目(W02020331)的共同资助。我室焦立超博士为论文第一作者,殷亚方研究员为通讯作者。